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Department of Investigative Medicine

Principle investigator
 Professor Akio Yamashita, Ph.D.
 e-mail: akyama21[at]med.u-ryukyu.ac.jp         
  (please replace [at] to @)
 Tel: +81-98-895-1202

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Our research

Human gene expression is exquisitely regulated at several points of between transcription and protein synthesis to ensure fidelity in the conversion of genetic information into biological functions. Nonsense-mediated mRNA decay (NMD) is a post-transcriptional surveillance pathway responsible for the recognition and degradation of mRNAs containing premature termination codons. NMD protects cells from nonfunctional, potentially harmful, polypeptides encoded by mutated mRNAs. On the other hand, NMD degrade frameshift or miss-spliced mRNAs encoding cancer antigen. Hence, manipulation of NMD activity will benefit to improve anti-cancer immune response. We are challenging this fundamental post-transcriptional gene expression regulation pathway and developing novel drugs for cancer and rear genetic diseases. Using our original technique, which developed during basic analysis of NMD, we are analyzing disease related post-transcriptional event of gene expression mechanisms. The goal of the research is to find the critical factors of diseases and develop/perform the primary compound screening targeting these factors.


Selected publications

1. Mino T., Iwai N., Endo M., Inoue K., Akaki K., Hia F., Uehata T., Emura T., Hidaka K., Suzuki Y., Standley D.M., Okada-Hatakeyama M., Ohno S., Sugiyama H., Yamashita A., Takeuchi O.* Translation-dependent unwinding of stem-loops by UPF1 licenses Regnase-1 to degrade inflammatory mRNAs. Nucleic Acids Res 47, 8838-8859, 2019.

2. López-Perrote A., Castaño R., Melero R., Zamarro T., Kurosawa H., Ohnishi T., Uchiyama A., Aoyagi K., Buchwald G., Kataoka N., Yamashita A.*, Llorca O.* Human nonsense-mediated mRNA decay factor UPF2 interacts directly with eRF3 and the SURF complex. Nucleic Acids Res 44, 1909-1923, 2016.

3. Usuki F.*, Yamashita A., Shiraishi T., Shiga A., Onodera O., Higuchi I., Ohno S. Inhibition of SMG-8, a subunit of SMG-1 kinase, ameliorates nonsense-mediated mRNA decay-exacerbated mutant phenotypes without cytotoxicity. Proc Natl Acad Sci USA 110, 15037-15042, 2013

4. Kashima I., Yamashita A., Izumi N., Kataoka N., Morishita R., Hoshino S., Ohno M., Dreyfuss G., Ohno S.* Binding of a novel SMG-1-Upf1-eRF1-eRF3 complex (SURF) to the exon junction complex triggers Upf1 phosphorylation and nonsense-mediated mRNA decay. Genes Dev 20, 355-367, 2006.

5. Yamashita A., Chang T..C, Yamashita Y., Zhu W., Zhong Z., Chen C.Y., Shyu A.B.* Concerted action of poly(A) nucleases and decapping enzyme in mammalian mRNA turnover. Nat Struct Mol Biol 12, 1054-1063, 2005.

6. Yamashita A., Ohnishi T., Kashima I., Taya Y., Ohno S.* Human SMG-1, a novel phosphatidylinositol 3-kinase-related protein kinase, associates with components of the mRNA surveillance complex and is involved in the regulation of nonsense-mediated mRNA decay. Genes Dev 15, 2215-2228, 2001



  • 山下 暁朗      Akio Yamashita
    教授:山下 暁朗      Akio Yamashita

    平成 4年 3月  兵庫県立須磨東高等学校 卒業
    平成 8年 3月  日本大学農獣医学部 応用生物科学 卒業
    平成10年 3月 横浜市立大学 大学院総合理研究科システム機能専 修士課程 修了
    平成13年 9月 横浜市立大学 大学院 医研究科生化第二専攻 博士課程 修了
    平成13年 9月 博士(医学)
    平成11年 4月 日本学術振興会 特別研究員(DC1)(横浜市立大学)
    平成13年10月 日本学術振興会 特別研究員(PD)(横浜市立大学)
    平成14年 4月 木原記念横浜生命科学振興財団 博士研究員(横浜市立大学)
    平成15年 4月 米国テキサス大学医学部 生化学・分子生物学教室(Dr. Ann-Bin Shyu) 博士研究員 (留学)
    平成17年 4月 横浜市立大学医学研究科 分子細胞生物学講座 COE特任助教
    平成19年 9月 日本学術支援機構 さきがけ専任研究員
    平成22年 4月 横浜市立大学医学部  講師
    平成28年 4月  横浜市立大学医学部  准教授
    令和 3年 2月   横浜市立大学 大学院医学研究科 客員教授
    令和 3年 2月   琉球大学 大学院医学研究科 教授

    平成13年 3月 横浜市立大学医学研究科 優秀論文賞 受賞
    平成22年 4月 横浜市立大学医学会 医学会賞 受賞
    平成22年 4月 文部科学大臣表彰若手科学者賞 受賞
    平成23年11月 第9回分子生物学会三菱化学奨励賞 受賞

  • 助教: 高橋 良明 Yoshiaki Takahashi略歴:

  • 助教: 水口 真理子 Mariko Mizuguchi略歴:





Akyama21<at>med.u-ryukyu.ac.jp ※<at>は@に変えてください。




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